国内本科院校与日本院校有合作项目，申请硕士有优势吗？

有一定优势。合作项目可能提供优先录取机会，学校间的合作关系使双方对彼此教育体系更了解，对学生背景评估更准确。学生在本科阶段可能有机会参与交流活动，提前适应日本学习环境，还可获得本科院校老师对日本院校申请的针对性指导。